Chemical Markup Language
Z Wikipedii
Chemical Markup Language, CML - format zapisu różnorodnych informacji o związkach chemicznych i ich reakcjach, formalnie jeden z języków znaczników zdefiniowanych za pomocą składni XML. Inicjatorami tego formatu są Peter Murray-Rust i Henry Rzepa.[1] Obecnie rozwój tego języka jest prowadzony jako jeden z projektów Sourceforge.
Tradycyjnie informacje o związkach chemicznych i reakcjach są zapisywane w wielu różnych formatach, które nie są z sobą wzajemnie zgodne. CML jest zbiorem znaczników i zasad ich użycia umożliwiających jednolite i niezależne od oprogramowania zapisywanie tego rodzaju informacji. Dzięki temu, że jest to format zgodny z XML do jego obróbki można adaptować programy pierwotnie napisane do obsługi innych formatów z rodziny XML. Np: informacje o strukturze cząsteczek zapisanych w XML można łatwo wizualizować za pomocą zmodyfikowanych programów wyświetlających pliki SVG. Dokumenty CML można bez trudu łączyć z innymi dokumentami XML - np: XHTML, dzięki czemu można je bezpośrednio wpisywać do kodu stron WWW.
Język CML umożliwia jednolite zapisywanie następujących informacji:
- strukturę chemiczną związków chemicznych - zarówno w postaci analogicznej do tradycyjnych wzorów strukturalnych jak i szczegółowe dane o położeniu atomów w cząsteczce umożliwiające budowanie ich trójwymiarowych modeli
- zapisy przebiegów i mechanizmów reakcji chemicznych
- wszelkie dane analityczne dotyczące związków chemicznych (widma spektroskopowe, analizy elementarne, dane fizykochemiczne itp.)
[edytuj] Oprogramowanie
XML w odróżnieniu od np: Smiles jest formatem otwartym, którego specyfikacja jest jawna i nie objęta patentami czy licencjami ograniczającymi możliwość jego legalnego użycia. Z tego względu jest on adoptowany zarówno do programów opartych na wolnych licencjach jak i programów komercyjnych.
Do najbardziej znanych narzędzi należą[2][3]:
- Jumbo - biblioteka programów napisanych w Javie wspierających wszystkie elementy zawarte w specyfikacji CML - jest ona tworzona bezpośrednio przez społeczność rozwijającą CML
- Jmol - aplet Javy umożliwiający bezpośrednią wizualizację struktur chemicznych zapisanych w CML na stronach WWW i w innych zastosowaniach
- JChemPaint - edytor struktur chemicznych umożliwiający odczytywanie i zapisywanie w formacie CML
- XDrawChem - inny edytor struktur o podobnych cechach jak JChemPaint
- CML2SVG - program przekształcający zapis struktury związków chemicznych na format SVG
i wiele innych.
Przypisy
- ↑ [H. S. Rzepa, P. Murray-Rust and B. J. Whitaker The Internet as a Chemical Information Tool , Chem. Soc. Revs, 1997, 1-10]
- ↑ Lista narzędzi na stronie oficjalnej CML
- ↑ Wiki projektu JUMBO i projektów z nim związanych
[edytuj] Linki zewnętrzne
| Im późniejsza ciąża tym większa "szansa" na cesarkę |
|
Odkładanie ciąży na później w znacznym stopniu przyczynia się do zwiększenia liczby cesarskich cięć - wynika z pracy opublikowanej na łamach pisma "Public Library of Science Medicine".
|
| Dieta śródziemnomorska pomocna w walce z rakiem |
|
Nawet dieta mająca tylko niektóre elementy diety śródziemnomorskiej może obniżyć ryzyko nowotworu o 12 procent - informuje "British Journal of Cancer".
|
| Przełom w leczeniu opryszczki |
|
Zdaniem amerykańskich naukowców jest szansa na całkowite wyleczenie osób, u których występuje opryszczka, czyli popularnie zwane zimno. Nadzieję dają wyniki najnowszych badań genetycznych.
|
| Cukier chroni niemowlaki przed bólem |
|
Zastosowanie sacharozy jako środka łagodzącego ból podczas zabiegów medycznych wykonywanych u noworodków powinno być ograniczone do nakłuć żył czyli przede wszystkim pobierania krwi - informują pediatrzy na łamach internetowego portalu naukowego "Eurekalert".
|
| Dzisiaj Słońce najdalej od Ziemi |
|
Dokładnie o godzinie 10, Ziemia znajdzie się najdalej od Słońca (aphelium). Oba ciała będzie wtedy dzielił dystans 152.1 milionów kilometrów.
|