EcoRI - Google

EcoRI

Z Wikipedii

Skocz do: nawigacji, szukaj
Struktura EcoRI
Struktura EcoRI

EcoRI (wym. "eko er jeden") - enzym, endonukleaza, wyizolowana po raz pierwszy ze szczepu RY13 E.coli[1], jest częścią bakteryjnego systemu modyfikacji restrykcyjnych.

W biologii molekularnej EcoRI jest używane jako enzym restrykcyjny. Przy cięciu DNA tworzy on lepkie końce[2] z przedłużonymi końcami 5'. Sekwencją rozpoznawaną i ciętą przez enzym jest palindromiczna sekwencja 5'-G▼AATTC-3' (nić komplementarna 3'-CTTAA▲G-5')[3].

Spis treści

[edytuj] Struktura

Struktura przestrzenna enzymu została rozwiązana metodami rentgenograficznymi w 1986 roku[4].

[edytuj] Struktura pierwszorzędowa

EcoRI zawiera motyw PD..D/EXK, który jest miejscem aktywnym całej rodziny enzymów restrykcyjnych[5]. W EcoRI motyw ten zawiera reszty P90, D91, E111, A112, K113(2).

[edytuj] Struktura trzecio- i czwartorzędowa

Enzym składa się z jednej globularnej domeny z klasycznymi motywami α/β. Zawiera takżę pętlę, wystającą na zewnątrz, która owija się wokół DNA podczas jego wiązania.

Struktury krystaliczne ujawniły, że formą enzymu jest homodimer. Podczas wiązania DNA, obie jednostki oddziałują z nim symetrycznie. Wiązanie realizowane jest przez dwie alfa-helisy każdego monomeru, które formują czterohelisowy pęczek[6][7]. Za bezpośrednie współdziałanie obu homodimerów, odpowiedzialne są obecne w helisach reszty E144 i R145[8].

[edytuj] Zastosowania

Z powodu swojej selektywności i specyficznego miejsca cięcia, które następnie może ulec ligacji (zobacz też: ligaza), enzym ten jest używany w biologii molekularnej, szczególnie w technice klonowania, screeningów DNA, czy mutagenezy ukierunkowanej. Enzym ma skłonność wykazywania aktywności star przy podwyższonym pH i przy zbyt niskiej sile jonowej oraz podwyższonym stężeniu glicerolu[9]. Enzym wykazuje aktywność star bardziej przy podwyższonym stężeniu glicerolu niż przy podwyższonym pH[10].

Przypisy

  1. ↑ Roulland-Dussoix D., Boyer HW. The Escherichia coli B restriction endonuclease.. Biochim Biophys Acta. Nov 19;195, 1, 219-29. 1970. PMID 4901831.
  2. ↑ Mertz JE., Davis RW. Cleavage of DNA by R 1 restriction endonuclease generates cohesive ends.. Proc Natl Acad Sci U S A. Nov;69, 11, 3370-4. 1973. PMID 4343968.
  3. ↑ Dugaiczyk A., Hedgpeth J., Boyer HW., Goodman HM. Physical identity of the SV40 deoxyribonucleic acid sequence recognized by the Eco RI restriction endonuclease and modification methylase.. Biochemistry. Jan 29;13, 3, 503-12. 1974. PMID 4358949.
  4. ↑ McClarin JA., Frederick CA., Wang BC., Greene P., Boyer HW., Grable J., Rosenberg JM. Structure of the DNA-Eco RI endonuclease recognition complex at 3 A resolution.. Science. Dec 19;234, 4783, 1526-41. 1987. PMID 3024321.
  5. ↑ Pingoud A., Fuxreiter M., Pingoud V., Wende W. Type II restriction endonucleases: structure and mechanism.. Cell Mol Life Sci. Mar;62, 6, 685-707. 2005. doi:10.1007/s00018-004-4513-1. PMID 15770420.
  6. ↑ Heitman J. How the EcoRI endonuclease recognizes and cleaves DNA.. Bioessays. Jul;14, 7, 445-54. 1992. doi:10.1002/bies.950140704. PMID 1445286.
  7. ↑ Pingoud A., Jeltsch A. Structure and function of type II restriction endonucleases.. Nucleic Acids Res. Sep 15;29, 18, 3705-27. 2001. PMID 11557805.
  8. ↑ Kurpiewski MR., Engler LE., Wozniak LA., Kobylanska A., Koziolkiewicz M., Stec WJ., Jen-Jacobson L. Mechanisms of coupling between DNA recognition specificity and catalysis in EcoRI endonuclease.. Structure. Oct;12, 10, 1775-88. 2004. doi:10.1016/j.str.2004.07.016. PMID 15458627.
  9. ↑ Polisky B., Greene P., Garfin DE., McCarthy BJ., Goodman HM., Boyer HW. Specificity of substrate recognition by the EcoRI restriction endonuclease.. Proc Natl Acad Sci U S A. Sep;72, 9, 3310-4. 1976. PMID 242001.
  10. ↑ George J., Blakesley RW., Chirikjian JG. Sequence-specific endonuclease Bam HI. Effect of hydrophobic reagents on sequence recognition and catalysis.. J Biol Chem. 09;255, 14, 6521-4. 1980. PMID 6248525.

Blisko miliard ludzi głoduje
W 33 państwach świata ludzie cierpią z powodu głodu, a ich liczba wzrosła z 848 milionów w 2002 roku do 923 milionów w 2006 roku - wynika z opublikowanego w Berlinie Indeksu Głodu na Świecie.
ONZ o znaczeniu mycia rÄ…k
Miliony dzieci na całym świecie biorą w środę udział w pierwszym oenzetowskim Światowym Dniu Mycia Rąk. Akcja ma uzmysłowić, że ta prozaiczna czynność jest najprostszym i najbardziej skutecznym sposobem zapobiegania chorobom, często śmiertelnym.
Spływa zawsze w jednym kierunku
Naukowcy opracowali metodę syntezy nanowłókienek polimerowych, które naniesione w sposób uporządkowany na różnego rodzaju powierzchnie, zmieniają ich właściwości na silne hydrofobowe, odpychające wodę, czyniąc je przez to samoczyszczącymi. Dodatkowo, woda umieszczona na tak zmienionych powierzchniach spływa tylko i wyłącznie w jednym kierunku - donosi "Soft Matter".
SÅ‚odkie lekarstwo na malariÄ™
Naukowcy z Tanzanii opracowali łatwą do połykania przeciwmalaryczną pigułkę o smaku wiśniowym, która ma pomóc ratować dzieci na zagrożonych obszarach - informuje "The Lancet".
Pierwszy na świecie ekologiczny detonator
Wychodząc z założenia, że i tak nie da się całkowicie wyeliminować materiałów wybuchowych z naszej cywilizacji, niemieccy naukowcy opracowali pierwszy na świecie ekologiczny (pozbawiony ołowiu) detonator, który podczas użycia przynajmniej nie szkodzi środowisku - pisze "Dalton Transactions".
Linki: Strona g³ówna